Se encuentra ubicada a 100 metros al sureste de la Plaza de Armas en el solar donde, durante la época incaica, se encontraba el palacio del Acllawasi[1].
En el siglo XVII, este solar fue repartido entre los conquistadores españoles correpsondiéndole al licenciado Antonio de la Gama.
La primera iglesia del monasterio fue construida entre 1610 y 1612 siendo su arquitecto Francisco de la Cueva[4].
El terremoto de 1650 destruyó las construcciones existenteas por lo que en 1651 se iniciaron las obras de reconstrucción[5], la misma que debió terminarse hacia 1669[2].
Los edificios del convento son dos claustros en los que el obispo Manuel de Mollinedo y Angulo mandó construir una fuente en cada uno hacia 1678[2].