Más tarde Matías Machuca llevó a cabo la decoración barroca en yeso de la Capilla Mayor.

Los dos últimos cuerpos y la linterna poseen ventanas con arco de medio punto en todos sus lados.

Interiormente, posee planta de cruz, la nave se halla dividida en cuatro tramos por pilastras y arcos fajones.

En el primer tramo, de bastante menor dimensión que los siguientes, se levanta el coro sobre arco rebajado.

El tramo central del crucero, se eleva sobre los anteriores, y dispone de cubierta a cuatro aguas.