De su primera fase conserva esta iglesia sus dos portadas laterales: la norte labrada bajo los auspicios del obispo don Alonso Suárez de la Fuente del Sauce (1500-1520); la otra, meridional, erigida bajo el mandato episcopal del cardenal don Esteban Gabriel Merino (1523-1535).

La primera, de un estilo gótico flamígero, puede estar vinculada al maestro Pedro López.

La segunda, protorenacencista o plateresca, tal vez fuera obra relacionada con Diego de Alcaraz.

Desaparecidos de la escena sus maestros, hacia 1593, son continuados los trabajos por Juan de Vandelvira, quien previamente se había concertado con los canteros Pedro Murciano y Diego Gil.

Finalmente, entre 1621 y 1680, esencialmente bajo el mandato del cardenal don Baltasar Moscoso y Sandoval, la fábrica recibe un definitivo impulso, cubriéndose el último tramo de los pies y erigiéndose la torre, a partir de 1637, por el cantero ubetense Cristóbal del Pozo bajo la dirección de Juan de Aranda y Salazar.