La iglesia está dedicada a Juan de Patmos, el escritor de la Revelación, a quien se considera también el Apóstol Juan.
Los arqueólogos creen que la iglesia fue construida algún tiempo antes del auge Imperio Otomano, muy probablemente en el siglo XIII.
Trabajos de restauración del interior realizados en 1964 descubrieron frescos en su cúpula.
El arquitecto de la iglesia es desconocido pero se cree que estuvo influido por la arquitectura de iglesias armenias, particularmente el techo.
En el interior del templo se construyó una iconostasis de madera y en el siglo XX numerosos santos, al igual que la Virgen María han sido retratados en el ábside.