El templo fue confiado a los jesuitas polacos en 1571 por el rey Segismundo II Augusto, quienes lo transformaron completamente al estilo renacentista y la torre, que está separada de la iglesia, fue construida en el siglo XVI.
Entre 1566 y 1571 el famoso pastor Pedro Ruiz de Moros ejerció en esta iglesia.
Tras el incendio de 1737, entre 1738 y 1748 el arquitecto Johann Christoph Glaubitz reconstruyó por completo la iglesia en estilo barroco tardío.
Durante la reconstrucción de 1827-28, el arquitecto Karol Podczaszyński destruyó la mayor parte del suntuoso interior barroco: casi 3000 carros con fragmentos de altares, esculturas y estucos fueron llevados a un vertedero; las capillas fueron las que sufrieron menos daños.
Durante la ocupación alemana en la Segunda Guera Mundial, el reverendo Alfonsas Lipniūnas, que más tarde fue encarcelado por los nazis en el campo de concentración de Stutthof y asesinado, pronunció sermones rebeldes en la iglesia.