Históricamente ha sido administrada por la Orden de los Hermanos Menores Capuchinos desde su llegada a la ciudad.
[2] El actual templo fue construido en estilo moderno luego de que el terremoto de 1960 destruyó el templo primitivo casi en su totalidad, que ya había sido reparado con anterioridad debido a los daños producidos en el terremoto de 1939.
Fue diseñado por los arquitectos chilenos Jaime Besa, Hernán Riesco y Jorge Larraín, obra que fue finalizada e inaugurada en 1965.
En 1985 durante la dictadura militar, la Arquidiócesis habilitó el Comedor Fraterno San José en dependencias de esta iglesia, un lugar destinado a la beneficencia para otorgar comidas preparadas a personas en situación de calle de la ciudad.
En 1987, se modificó la terraza del segundo piso para poder construir 17 dormitorios para los más desposeídos de la ciudad.