La parroquia de San Ignacio ya existía desde 1883 abarcando los barrios de Atocha, Eguía, Gros y la parte oeste del monte Ulía.
La iglesia se edificó para abarcar los nuevos barrios de San Sebastián que iban surgiendo como consecuencia del ensanche de la ciudad.
Esta parroquia fue edificada en el donostiarra barrio de Gros sobre un terreno cedido gratuitamente a tal efecto por doña Águeda Gros, donando Tomás Gros la piedra necesaria para su construcción.
El coro alto a los pies ocupa el primer tramo de la nave principal.
El templo fue inaugurado al culto en 1897, aunque la torre no fue rematada hasta 1928 gracias a un legado de don Fermín de Lasala y Collado, Duque de Mandas.