La iglesia tuvo a Pedro Pablo Rubens como decorador y pintor principal y era conocida por las 39 piezas del techo pintadas por su taller, que se perdieron en un incendio cuando un rayo golpeó la iglesia el 18 de julio de 1718.

Dadas las numerosas actividades apostólicas que realizaban los jesuitas en una ciudad entonces en plena expansión comercial, decidieron emprender, junto a la residencia, la construcción de una iglesia (1615).

La iglesia se concibió como un instrumento típico de la Contrarreforma, diseñada para sorprender a la gente y traerla de vuelta a la Iglesia Católica, donde los jesuitas jugaron un papel importante en la región.

La iglesia fue construida junto al Huis van Aecken, comprada a los herederos de Erasmus II Schetz, un noble flamenco.

Presenta un planta basilical con tres naves con matroneo y coro coronado por un campanario.

Para la decoración interior, los jesuitas recurrieron a Pedro Pablo Rubens, cuyo taller y escuela de pintura no estaban muy lejos.

En cuanto a las tablas, muchas fueron confiscadas o robadas cuando la Compañía de Jesús fue suprimida en 1773.

[2]​ Rubens recibió 7.000 florines por sus obras en la iglesia, y aunque las lujosas decoraciones que comprendía esculturas y otras obras de arte fueron bien recibidas, Tirinus fue despedido en 1625 por ir más allá de su presupuesto.

Después del incendio, la iglesia fue restaurada manteniendo un ambiente mucho más sobrio, diseñado por Jan Pieter van Baurscheidt el Viejo que restauró las partes dañadas de acuerdo con la idea original, pero reemplazó los casetones originales por anchos arcos transversales.

La iglesia misma se confió al clero secular y se reabrió en 1779, convertida desde 1803 en iglesia parroquial[1]​ bajo el nombre de San Carlos Borromeo (St.-Carolus Borromeuskerk), en honor de Carlos Borromeo.