Esta parroquia aparecía censada en los repartimientos del rey Alfonso X en el siglo XIII, por lo que su primitivo inmueble debió ocupar una antigua mezquita musulmana que tras la conquista de la ciudad en febrero de 1266 pasaría a acoger culto cristiano.

Fue en el transcurso del siglo XVII cuando se demolió el inmueble anterior para realizar una iglesia nueva.

Aun así, las obras de este tercer templo pronto quedaron detenidas.

Durante la Guerra Civil la Iglesia fue saqueada, perdiendo numerosas obras de arte (esculturas y retablos), como el antiguo titular del Sepulcro.

Sin embargo, gracias a la Junta de Incautación y Protección del Patrimonio Artístico de Murcia, organizada por el alcalde Fernando Piñuela, pudieron salvarse numerosas obras maestras que hoy día siguen contemplándose en San Bartolomé.

Tras la contienda, el pintor lorquino Manuel Muñoz Barberán realizó los frescos del ábside.

Sin embargo, el tratamiento de estas bandas divisorias es ya abstracto, en la sensibilidad lineal y geométrica propia del neoclasicismo.

A comienzos del siglo XX la familia Servet encargó al arquitecto Pedro Cerdán una Capilla con cripta en el interior de San Bartolomé (que fue concluida en 1910).

Del primero la Iglesia cuenta con un San Francisco Javier atribuido a Nicolás de Bussy.