[2]​ Una de las principales modificaciones que transformaron la iglesia primigenia ocurrió a finales del siglo XVI, cuando Hernán Ruiz II construyó el nuevo campanario siguiendo el modelo de la iglesia de San Lorenzo, también realizado por el arquitecto en 1555.

[3]​ Aunque, sin duda, el mayor de los cambios se dio durante los primeros años del siglo XVIII, cuando la antigua iglesia medieval se convirtió en el crucero de la nueva iglesia y su orientación cambió de este-oeste a norte-sur, encargándose del proyecto los maestros mayores del obispado de Córdoba, Juan y Luis de Aguilar,[2]​ bajo órdenes del obispo Marcelino Siuri y concluyendo en 1755.

[3]​ La fachada renacentista fue tapiada desde esta restauración hasta 1928, cuando se descubrió y puede observarse actualmente desde la calle Fernán Pérez de Oliva.

Tanto el ábside como los tramos que le preceden estaban cubiertos por unas bóvedas de tracería góticas, bóvedas que fueron tapadas en el siglo XVIII por bóvedas de arista, quedando hoy de las primitivas únicamente la que cubre el antiguo sagrario.

Lo más destacado del conjunto es la portada original de 1489 situado en un lateral de la iglesia, la torre renacentista y el altar mayor, obra esta última del escultor barroco Pedro Duque Cornejo.