En el siglo XVI se llevan a cabo importantes reformas que suponen una casi renovación total de la iglesia, y que afectarán al cuerpo de las naves y a la torre, enclavada en la cara norte del edificio, y coronada con un vistoso chapitel de influencias herrerianas.
Estos arcos aparecen decorados por rosetas de cinco pétalos policromados en rojo y blanco, que resaltan en medio de la austeridad del conjunto, y constituyen su único elemento decorativo.
Esta parte de la iglesia se cubre con artesonado que en la parte central lleva una original decoración renacentista, con estilizados dibujos sobre artísticos jarrones, y profusión de temas vegetales.
Todo el conjunto culmina con una vistosa espadaña herreriana, con un pequeño arco de campana en el centro y con las clásicas bolas escurialenses, que rematan sus sencillos adornos.
Repite el mismo esquema y utiliza idéntica decoración al rematar los adornos con las clásicas bolas de granito perfectamente labradas.