En 1561 , con las obras avanzadas, el muro con la preciosa imagen de la Virgen se colocó detrás del altar mayor.

Si el exterior de la iglesia parece circular (aunque es más bien un óvalo), el interior tiene, inesperadamente, planta octogonal.

[2]​ Entre el proyecto original de Sanmicheli y el resultado final, sin duda hay algunas diferencias.

En una sala frente al Oratorio cuelga un enorme cocodrilo disecado, que las leyendas de finales del siglo XIX quieren que el reptil, llevado a San Miguel por algunos miembros de una familia adinerada, una vez crecido fue abandonado en las pantanosas campañas y vagaba sin ser molestado cerca del río Adigio, aterrorizando a pastores y pescadores.

Una vez capturado y muerto, se colocó por primera vez en la iglesia en honor de la Virgen, posteriormente encontró otros alojamientos siempre dentro del complejo de la Basílica.