Es considerada la primera parroquia evangélica luterana de la capital paulista, así como el primer templo neogótico construido en la ciudad.
El grupo tuvo dificultades durante el transcurso del siglo XIX, debido al régimen católico que existía en Brasil.
[4] Las ceremonias se realizaron en idioma alemán, debido a la gran cantidad de alemanes entre los visitantes, a quienes asistieron pastores de Río Claro y Campinas hasta 1871, cuando el pastor Emil Bamberg fundó la primera comunidad evangélica luterana en São Paulo, la "Egreja Evangelca Alleman".
[3] Mientras los evangélicos luteranos recaudaban donaciones para la construcción del primer templo en São Paulo, los servicios también se realizaron en una iglesia presbiteriana.
En los años siguientes, sin el dinero recibido por la comunidad alemana, la iglesia evangélica luterana sufrió una grave crisis financiera.
[8] Durante ese período, por determinación del entonces presidente Getúlio Vargas, las celebraciones ya no podían realizarse en alemán.
[4] La Iglesia Luterana de São Paulo intentó buscar apoyo en la Ley Rouanet, pero no pudo acceder al incentivo económico.
En 1909 se inauguró en la iglesia un órgano construido por la Casa Walcker, que originalmente contaba con 12 registros y 620 tubos.
Por mucho que ya existían grupos en los barrios de Vila Ema, Vila elina, Vila Prudente y Santo Amaro,[6] la iglesia del centro se convirtió en el símbolo religioso de ese pueblo, que ya compartía espacios como la Deutsch Schule (Escuela Alemana), que luego pasó a ser Colégio Visconde de Porto Seguro[15] y Sport Club Germania (actual Esporte Clube Pinheiros), desde mediados del siglo XIX.
Actualmente, la Iglesia Martín Lutero se encuentra en medio de edificios ocupados de gran altura,[17] que fueron ocupados por personas sin hogar, y tiene problemas con daños externos graves debido al clima y al vandalismo.