Históricamente, las lenguas han sido habladas principalmente por tres grupos étnicos: los khoikhoi, antiguamente conocidos por el término peyorativo hotentotes, los san, a los que se les solía conocer como bosquimanos, término también peyorativo, y los damaras.
Khoikhoi y san suelen ser denominados conjuntamente como pueblos khoisán en razón a similitudes antropológicas.
En la actualidad, estas lenguas solamente se hablan en el desierto del Kalahari y en una pequeña área de Tanzania.
Las lenguas del grupo son cada vez más escasas; varias se han extinguido.
Excluyendo el hadza y el sandawe, la evidencia disponible para el resto de lenguas khoisán ha permitido identificar tres grupos bien definidos y dos lenguas de posición dudosa provisionalmente consideradas aisladas.
[3]Las lenguas joisanas difieren dramáticamente en su estructura gramatical y tipología, lo cual refuerza la hipótesis de que no tienen un origen común.
En cuanto a la morfología y sintaxis existen dos tipos bien diferenciados: En la sintaxis las diferentes lenguas khoisán pertenecen a tipos prácticamente opuestos: Al igual que en otras áreas, las lenguas joisanas muestran gran diversidad y o bien no constituyen una familia lingüística en absoluto o bien empezaron diversificarse hace demasiados milenios como para que pueda establecerse su parentesco.
Un árbol maximal basado parcialmente en la evidencia del proyecto comparativo ASJP[4] es el siguiente:[5]