[5]​ Un estudio comparativo consideró posible postular una relación genética del puinave con un proto-makú y además un eventual sustrato aún no conocido.

[7]​ El idioma puinave presenta los siguientes fonemas:[6]​ Consonantes La oclusiva labial [p] se realiza com sonora [b] en ambiente nasal y como labializada [pw] o [bw] al comienzo de la palabra.

La alta coronal [i] se palataliza al comienzo de la palabra como las sonoras oclusiva [ɟ], fricativa [ʝ] o nasal [ɲ].

[6]​ El puinave es una lengua tonal que presenta tonos alto, bajo, ascendente y descendente.

De ahí se habrían desplazado hacia el Inírida, el Vaupés y el Caquetá-Yapurá.