Greenberg (1987) la clasifica tentativamente dentro del grupo paezano dentro del Filo chibchano-paezano, aunque la mayoría de especialistas consideran que no existe evidencia sólida en favor de ello.

El inventario vocálico del itonama es el siguiente: El inventario consonántico viene dado por: La estructura silábica es (C)V(C), es decir son posibles las sílabas V, CV, CVC y VC.

El tipo más frecuente es CV: En el siguiente cuadro se presentan las diferentes clases de palabras, abiertas y cerradas, en itonama con algunos ejemplos (basado en Crevels, 2012):

En cuanto a las características morfológicas del itonama, se puede señalar lo siguiente (Crevels, 2012):

En lo que respecta a la sintaxis del itonama, se puede señalar lo siguiente (Crevels, 2012):