La institución forma parte del Sistema Universitario Jesuita (SUJ) que integra a ocho universidades en México.

[2]​ Fundada en el año de 1957 por el Padre Luis Hernández Prieto S.J.,[3]​ José Aguilar Figueroa y el ingeniero José Fernández del Valle y Ancira, entre otros, la universidad ha tenido una larga trayectoria.

[4]​ A mediados del decenio de los años 50, en Guadalajara no existía una universidad jesuita.

Las primeras instalaciones del ITESO se ubicaron frente a la Rotonda de los Hombres Ilustres.

El cardenal José Garibi Rivera mostró entusiasmo por la posibilidad de que una universidad católica se abriera en la ciudad.

Años después, se cambiaron a calle Libertad 1823 y Moscú, donde actualmente está La Casa de los Abanicos.

Tras una extensa búsqueda, Don José Aguilar Figueroa ofreció sus predios, donde hoy está el campus, Anillo Periférico Sur 8585, en el municipio de Tlaquepaque.

En este año se completó la mudanza al campus de Las Fuentes.

También se matricularon estudiantes de Aguascalientes, Colima, Chihuahua, Durango, Guanajuato y Michoacán, entre otros estados.

En sus inicios los jesuitas no contaban con la aprobación formal para que dirigieran la universidad y trabajaran en el ITESO.

[7]​ Asimismo, el 16 de septiembre de 1973, académicos del ITESO publicaron una Declaración que habían firmado el viernes 14 del mismo mes y año, en un desplegado (inserción pagada) en el mismo matutino, en la que condenaban los hechos acaecidos en Chile.

[8]​ Tales publicaciones ocasionaron una serie de ataques contra el ITESO y sus autoridades.

Con esto, la Compañía de Jesús se convirtió en protagonista oficial en la Universidad.

El 31 de julio de 1974 el entonces rector, Xavier Scheifler Amézaga, promulgó las Orientaciones Fundamentales del ITESO (OFI), encauzadas en tres directrices: inspiración cristiana, filosofía educativa ignaciana, y compromiso social.

Esto le permitió otorgar sus propios títulos y armar sus planes de estudio.

En 1987 se adquirió la biblioteca Salvador Reinoso, que constaba de 17 mil volúmenes.

[14]​ En el segundo semestre de 1989 se inició una intensa campaña financiera, cuyo objetivo era obtener donativos para instalaciones.

La restauración se realizó acorde a los materiales y técnicas utilizadas en la época.

Hoy es considerada Monumento Artístico de la Nación y está abierta al público.