Comenzó a adquirir fama y reconocimiento con la publicación de Hell's Angels: A Strange and Terrible Saga (1966), publicado en España bajo el nombre Los Ángeles del Infierno: Una extraña y terrible saga.
[3] Sin embargo, su particular estilo de escritura se manifiesta por primera vez en 1970, en el artículo "The Kentucky Derby Is Decadent and Depraved" (El Derby de Kentucky es Decadente y Depravado) para la revista Scanlan's Monthly.
Más tarde ese año, trabajó como periodista para el Middletown Daily Record, en Nueva York.
En 1960, Thompson se mudó a San Juan (Puerto Rico), para trabajar en la revista deportiva El Sportivo, la cual no duró mucho.
Pero el cambio a Puerto Rico le permitió viajar al Caribe y Sudamérica, escribiendo como freelance para distintos medios del continente.
Trabajó como corresponsal para Sudamérica para una publicación de Dow Jones & Company, The National Observer.
The Rum Diary fue publicado en 1998, mucho después de que Thompson se volviera famoso.
La banda exigió parte de las ganancias, y todo terminó con Thompson recibiendo una salvaje paliza.
Thompson perdió en una estrecha votación, habiendo prometido en su campaña la despenalización del consumo de drogas (no así del narcotráfico, que desaprobaba), destruir las calles y convertirlas en pastizales para que la gente caminase, prohibir edificios tan altos que escondiesen el paisaje y la vista a las montañas y rebautizar Aspen (Colorado) como la «Ciudad Gorda».
Sin embargo, sus historias siempre tenían pinceladas y referencias a la música popular, desde Howlin' Wolf hasta Lou Reed.
Ralph Steadman, quien colaboraría luego con Thompson en gran cantidad de artículos, contribuyó elaborando dibujos expresionistas a tinta y lápiz.
Thompson estaba resignado, seguro de ser despedido, cuando su editor lo llamó para felicitarlo por el «excelente» artículo que había escrito.
Cardoso describió la aparición del artículo Kentucky Derby como una iluminación: «Ahora sí, esto es Gonzo puro.
Thompson tomó la palabra de inmediato y, según Ralph Steadman, dijo: «Ok, eso es lo que hago.
La pareja intentó tener más hijos, pero su esposa sufrió tres abortos espontáneos y dos bebés murieron al poco tiempo de nacer.
También estaba preocupado por su edad y sus problemas médicos crónicos, incluida una prótesis de cadera; con frecuencia murmuraba: "Este chico se está haciendo viejo".