[11]​ Ni el gobierno ni la Armada se refirieron explícitamente a la suerte corrida por el submarino y su tripulación, pero los familiares de los tripulantes manifestaron su dolor al salir de la reunión informativa, dando por hecho que sus seres queridos habían muerto.

Descarta asimismo que la reparación de media vida pudiera haber sido la causa de la pérdida del submarino o que el mismo pudiera haber sido atacado o embestido por otra nave.

[32]​ La abogada Itatí Leguizamón, esposa del cabo primero Germán Óscar Suárez, uno de los tripulantes de la nave desaparecida, dijo que el ARA San Juan es «una mierda» producto del «abandono que tiene la Armada», habiendo sufrido un inconveniente en 2014: «no podían emerger; pero emergieron y no trascendió».

[40]​[42]​ Argentina también había iniciado en 2016 ejercicios militares con disparos de misiles y torpedos, algo que no sucedía desde dos décadas atrás.

[4]​ Al día siguiente por la tarde, la Armada Argentina emitió un comunicado confirmando la situación pero sin utilizar la palabra extravío o desaparición, ni mencionar que se hubiera iniciado una operación SAR.

[3]​[44]​ La información oficial detalló que el submarino estaba en tránsito desde Ushuaia hacia su base habitual en Mar del Plata y que la última posición conocida fue el golfo San Jorge, a 240 millas náuticas (432 km) de la costa.

[3]​ El submarino se encontraba en ese momento bajo el comando del capitán de fragata Pedro Martín Fernández, con una tripulación de 38 personas —entre ellas una mujer—, un tripulante más que los que le correspondían por diseño.

[46]​[47]​ En los primeros días, la Armada desmintió oficialmente que se hubiera producido un incendio a bordo del submarino,[48]​ El domingo 19 de noviembre Claudio Rodríguez, hermano del suboficial Hernán Rodríguez, jefe de máquinas del ARA San Juan, dio a conocer a la prensa que debieron anticipar su regreso por «problemas con el submarino».

Cuando ese dato ya estaba circulando entre los familiares de la tripulación, Srur ratificó a Aguad que el submarino tenía problemas técnicos.

[60]​ Además, afirmaron que las operaciones de rastreo comenzaron desde la superficie y no en el fondo del mar.

Allí visitó a los familiares de los tripulantes, en un encuentro que la prensa describió como «tenso», donde el mandatario recibió fuertes reproches.

[73]​ Para ese momento 49 buques y aviones pertenecientes a once países (Argentina, Alemania, Brasil, Chile, Colombia, Estados Unidos, Francia, Gran Bretaña, Noruega, Perú y Uruguay) participaban en la búsqueda sobre un área de 482 507 km², una superficie equivalente a todo el territorio de España.

[75]​ Por su parte, el presidente Vladímir Putin, puso a disposición un buque oceanográfico para la búsqueda del navío.

[76]​ La cancillería ecuatoriana informó que brindaría apoyo con el envío de un buque y una cámara hiperbárica portátil.

[83]​ Grossi fue quien pensó en los instrumentos de esta organización para dilucidar el caso del ARA San Juan y, personalmente, requirió la ayuda de su director ejecutivo, Lassina Zerbo, a quien el embajador argentino conocía desde años antes.

[84]​ Estudios realizados por la Armada Argentina pocos días después, no informados oficialmente, confirmaron que la explosión tuvo una potencia superior a 100 kilos de TNT.

[86]​ Ni el gobierno ni la Armada se refirieron explícitamente a la suerte corrida por el submarino y su tripulación, pero los familiares de los tripulantes manifestaron dolor al salir de la reunión informativa, dando por hecho que sus seres queridos habían muerto y formularon duras críticas contra las autoridades.

[92]​ El mismo día, la diputada nacional y exponente de la alianza oficialista Cambiemos, afirmó en un programa televisivo: «tengo que decirlo, están muertos».

De dicha información Klipphan destaca que la orden establecía que el ARA San Juan debía proceder a la «localización, identificación, registro fotográfico/fílmico» de aeronaves militares y buques británicos, especificando puntualmente al HMS Clyde (P257) y dos buques petroleros (Punto 3.4.1.2).

[108]​ Ese mismo día el jefe de Gabinete Marcos Peña desmintió la información publicada por Klipphan en Infobae y al día siguiente lo mismo hizo el ministro Oscar Aguad, calificándola de «fantasía».

[111]​[112]​ El jefe de Gabinete completó su informe acompañando la Orden de Operaciones (OP) COFS N° 04/17 "C" (que Infobae había publicado el mes anterior) detallando la misión completa del ARA San Juan, donde también aparecen tachadas dos coordenadas que correspondían a las Islas Malvinas.

[112]​ Peña confirmó la información ya conocida y hasta entonces negada por el gobierno y el ministro Aguad que el objetivo primario del ARA San Juan «era la localización, identificación, registro fotográfico/fílmico de buques frigoríficos, logísticos, petroleros, buques de investigación de otras banderas, etc., que se encontraran realizando alijo con un buque pesquero».

[128]​ En varios casos la colaboración implicó el ingreso de fuerzas militares extranjeras al territorio argentino sin autorización del Congreso, como exige la Constitución, hecho que fue criticado por algunos medios de prensa y organizaciones políticas.

[129]​[88]​[130]​ Estos países fueron: Datos tomados del folleto informativo publicado por el Ministerio de Defensa.

[152]​[153]​ Al respecto, la vicepresidenta Gabriela Michetti y el asesor Jaime Durán Barba, entre otros funcionarios, habían sido denunciados penalmente en la Justicia federal meses antes por el supuesto montaje de una red de «troles» oficialistas presuntamente financiada con fondos públicos del Senado.

[155]​ La jurisdicción corresponde por subrogación, dado que la Armada informó que la última comunicación se dio en línea horizontal con Caleta Olivia, la jueza encargada de ese distrito, Marta Yáñez, se hizo cargo de la causa.

[162]​ En el momento en que concluyó la reparación del ARA San Juan, a mediados de 2014, estaba a cargo del almirante Marcelo Eduardo Hipólito Srur nombrado jefe de la Armada por Mauricio Macri al asumir.

Días antes del hundimiento la auditoría advirtió que el San Juan tampoco estaba en condiciones de hacer frente a una emergencia mayor.

[174]​ El delito podría haberse cometido para favorecer a la empresa española Igeotest Geociencias y Exploraciones SL, propiedad del empresario argentino Marcelo Devicenzi.

[185]​ El anuncio generó indignación entre los familiares que denunciaron a la empresa de no tener interés en encontrar el submarino y haber venido "a investigar otra cosa, nuestro suelo y nada más".