Llegados allí, pronunció sus votos ante el abad Jarento, ferviente partidario y amigo del papa Gregorio VII.
El abad puso enseguida su confianza en Hugues y el arzobispo de Lyon requirió a menudo sus servicios.
En 1096, pese a su juventud, Hugues fue elegido abad de Flavigny y pronto se vio implicado en numerosos conflictos no solo con su obispo diocesano de Autun, sino también con sus propios monjes, quienes querían explotar todos los medios posibles, incluso deshonestos, en nombre del papa.
El primero, que llega hasta el año 1002, se puede considerar como una compilación bastante genérica cuyo interés reside sobre todo en haber utilizado materiales escritos que hoy ya no se conservan y han desaparecido.
Mabillon dice haber visto en Flavigny un cartulario monacal que por la escritura cree ser del mismo Hugo, así como un necrologio.