Y al publicar una tesis en 1819 sobre los mayordomos del palacio merovingio atrajo la atención del baron Stein, quien lo comprometió en 1820 para editar las crónicas merovingias por cuenta de la recién creada Gesellschaft für Deutschlands ältere Geschichtskunde ("Sociedad para la Historia Antigua de Alemania").
Por otra parte, dirigió de 1820 a 1872 la revista de la Sociedad, Archiv der Gesellschaft für ältere deutsche Geschichtskunde.
Abandonó todos sus cargos en 1874 y murió en Munich.
[1] Los Monumenta comenzaron a aparecer en 1826 y a su terminación en 1874 (después se retomó el proyecto) comprendían en total 24 volúmenes en sus series Scriptores, Leges y Diplomata.
En estas ediciones Pertz aplicó por vez primera el método crítico filológico.