Creció en una familia donde las mujeres eran bien educados e intelectualmente activas; una de sus tías era la botánica Katharine Murray Lyell, quién fue biógrafa de Charles Lyell, su cuñado.
[2][1] Pasó la mayoría de su juventud en Berlín, donde su padre era Bibliotecario Real , aunque visitaban Inglaterra cada año.
Más tarde regresó a Inglaterra y en 1882 fue admitida al Newnham College, Cambridge.
Una vez que se permitió a las mujeres obtener titulaciones de grados, tomó su MA en 1932.
[1] Pertz hizo mucho de su trabajo, ad honorem, por pasión por la ciencia, y nunca tuvo un contrato formal en Newnham o la universidad.