Igual que Fidel Castro se integró al Partido Ortodoxo.

[2]​ En julio de 1959, Matos denunció la dirección que estaba tomando la revolución dando discursos abiertamente anticomunistas en Camagüey, y estuvo en particular en desacuerdo con la reforma agraria.

Esto puso en marcha una disputa de meses de duración entre él y Fidel Castro, entonces primer ministro de Cuba, cuando Castro reemplazó al presidente Manuel Urrutia Lleó con el más radical Osvaldo Dorticós Torrado, Matos presentó su renuncia en una carta a Castro.

[5]​ Según Max Lesnik, otro exguerrillero anti-Batistiano refugiado en Miami por anticomunista, Huber Matos era realmente un contacto de la CIA y conspiraba contra Fidel Castro.

En él reporta, entre otras cosas, sobre las torturas extremas durante su prisión en Cuba.

Huber Matos fue secretario general de la organización cubana en el exilio «Cuba Independiente y Democrática», que tiene sede en Miami, Florida.

Siguiendo sus deseos sus restos fueron trasladados a Costa Rica, país que lo acogió cuando llegó exiliado por primera vez durante la lucha revolucionaria en 1957.