Parte de la depresión se encuentra por debajo del nivel del mar, y en ella hay varios lagos de agua salada, como el lago Enriquillo, la laguna de Rincón, y el lago Caballero (en la República Dominicana) o el Étang Saumâtre y el Trou Caïman (en Haití).
La parte central se elevó menos y quedó bajo el nivel del mar (44 m), siendo ocupada por el lago Enriquillo.
Esta zona tiene el lago Enriquillo, (265 km²) que es el lago más grande de las Antillas, situado a unos 44 m bajo el nivel del mar, sus aguas saladas, sus sales son el residuo de lo que fue, “un canal marino” y tiene tres islas también bajo el nivel del mar: Cabritos, Chiquita o Barbarita y la Isleta.
La Cabritos mide 12 km de longitud y está poblada por cocodrilos nativos del país (crocodylus acutus o cocodrilo americano) y por iguanas, la más interesante de las cuales es la Cyclura cornuta (en inglés, Rhinoceros iguana), que recuerda a los dinosaurios (parque nacional).
En la parte oriental el río más importante es el Yaque del Sur, que desagua en la laguna Rincón o de Cabral, la cual, gracias a los aportes de agua dulce, no es muy salada, mide 28 km².