El hospital estaba regido y custodiado por una cofradía que llevaba también el nombre de Santo Tomás.
El establecimiento se cerró para siempre en el año 1585 y el edificio se fue perdiendo a través de los siglos, pasando a ser patrimonio perdido.
Su fundador y mecenas fue el canónigo de la catedral Pedro Franco, que según noticias del historiador padre Flórez en su Historia Sagrada, este canónigo era un familiar de Santo Tomás.
La cofradía se instituyó para el cuidado y administración del hospital, con un prior al frente cuyo mandato duraba un año.
Alfonso VIII otorgó y firmó en Benavente una real cédula, tomando la institución bajo su protección, en la que daba cuenta de la exención de pechos, tributos, penas y embargos.