En 1966 participó del golpe contra el presidente constitucional Arturo Illia, algo de lo que se arrepentiría.

En 1972 participó de la frustrada sublevación militar contra el dictador Alejandro Lanusse.

En ese año se entrevistó con Perón para llevarle un proyecto militar, participando activamente de la organización del ejército al retorno de Perón a la Argentina.

[2]​ Tras la restauración democrática, Ballester junto con Augusto Rattenbach y coroneles retirados como José Luis García, Carlos Gazcón, Gustavo Cáceres y Juan Jaime Cesio se agruparon para dar nacimiento al Centro de Militares para la Democracia Argentina, para agrupar a los militares contrarios a la dictadura.

[2]​ Declaró contra los dictadores, explicó como perito detalles de la organización castrense y sobre la doctrina de seguridad nacional que derivó en la aplicación sistemática del terror.