Por hallazgos arqueológicos, se sabe que la región de Hjørring ha estado poblada desde la prehistoria.

En el siglo XII se acuñaron monedas en Hjørring, durante el reinado de Svend III.

Con la reforma protestante, Hjørring perdió su estatus como centro religioso, desaparecieron los ricos monasterios que hasta entonces habían tenido una importante relación comercial con Hjørring, y la nueva diócesis luterana fijó su sede en Aalborg.

Durante el siglo XVI y principios del siglo XVII, se conservaban ciertas actividades comerciales, y pese a no ser una ciudad costera, Hjørring exportaba bienes a Noruega.

La agricultura, el principal ingreso de Hjørring, experimentó un impulso en la primera mitad del siglo XIX.

En la década de 1840 Hjørring estaba comunicado por carreteras con Løkken —que servía de puerto a la ciudad—, Aalborg y Frederikshavn, y se empezaron a establecer algunas industrias ligeras.

A finales del siglo XIX las principales actividades económicas eran el comercio, la agricultura y las artesanías, pero también se habían instalado algunas empresas de la industria textil y de maquinaria.

En 2007, el gobierno municipal anunció que las localidades hermanas de Hjørring son: