La ciudad se encuentra en el Kattegat, en la costa oriental del distrito tradicional de Vendsyssel.

Surgida como un pueblo pesquero, Frederikshavn es un puerto industrial, aunque desde finales del siglo XX su economía se ha ido orientando más hacia el sector terciario.

El buen puerto natural ha sido desde siempre un lugar óptimo para la pesca, y seguramente era explotado desde antes de formarse un asentamiento permanente.

Durante la guerra de los Treinta Años (1618-1648) Fladstrand, al igual que toda Jutlandia, fue ocupada por tropas imperiales.

Luego, durante la Guerra Escanesa que enfrentó a Dinamarca-Noruega contra Suecia, Cristián V ordenó la construcción de una nueva fortificación en el sur del pueblo.

La importancia militar tuvo un impacto positivo en el crecimiento de Fladstrand, incrementándose el comercio y la población.

Este período terminó en 1812 cuando quedó concluido un nuevo puerto construido a expensas del desmantelamiento de la antigua ciudadela.

En 1871 la ciudad quedó conectada al ferrocarril de Jutlandia, y en 1890 se construyó la línea a Skagen.

En la primera mitad del siglo XX, se inauguró la comunicación por transbordadores rápidos con varios puertos, entre ellos Copenhague, Gotemburgo y Oslo.

Sólo otros tres lugares tuvieron una situación similar en Dinamarca durante la ocupación: Hantsholm, Aalborg y Esbjerg.