El primer uniforme consistía en camisa blanca que representa la pureza y el nevado de la Cordillera de los Andes, sobre la camiseta estaba una franja horizontal de color celeste que cubría la parte superior del pecho y que representaba el cielo abierto del altiplano, en representación a la altura en dónde fue fundada la institución.
Posteriormente la camiseta sufrió diversas modificaciones no significativas hasta el siglo XXI.
En el 2017, luego del «éxito» que había generado la camiseta utilizada en el 2015, el Quirquincho volvió a mostrase en la camiseta para jugar el torneo apertura, en el torneo clausura de ese año se vuelve utilizar la tradicional «V» azulada.
[2] En lo que respecta al uniforme alternativo, San José ha usado diversos modelos y colores a lo largo de su historia deportiva.
La camiseta de edición limitada a 1,500 unidades se agotó el mismo día.