La base griega común ha transmitido a la tradición filosófica occidental un método de pensamiento marcado por el antidogmatismo y la sensibilidad hacia una serie de cuestiones ontológicas y éticas que la han caracterizado respecto a otras tradiciones filosóficas.

No se puede pasar por alto entonces, como segundo sustrato de la filosofía occidental, la tradición judaico-cristiana, que ya en la antigüedad tardía estableció una compleja relación con el pensamiento secular, introduciendo una serie de conceptos novedosos en el pensamiento filosófico e iniciando esa dialéctica entre fe y razón diversamente resuelta a lo largo de los siglos.

La literatura sapiencial temprana del Creciente Fértil era un género que buscaba instruir a las personas sobre la acción ética, la vida práctica y la virtud a través de historias y proverbios.

La astronomía babilónica también incluyó muchas especulaciones filosóficas sobre la cosmología que pudieron haber influido en los antiguos griegos.

La filosofía judía y la filosofía cristiana son tradiciones religio-filosóficas que se desarrollaron tanto en Oriente Medio como en Europa, que comparten ciertos textos judaicos primitivos (principalmente el Tanaj) y creencias monoteístas.

Más tarde, la filosofía judía estuvo bajo fuertes influencias intelectuales occidentales e incluye las obras de Moisés Mendelssohn, quien marcó el comienzo de la Haskalá (también conocida como la ilustración judía), el existencialismo judío y el judaísmo reformista.

En Europa, la filosofía medieval fue anticipada por el pensamiento Patrístico, que se desarrolló tras la expansión del Cristianismo dentro del Imperio Romano, y cuyo máximo exponente fue Agustín de Hipona: se convirtió en obispo Neoplatonista, y reconcilió la filosofía griega con el fe cristiana.

Y afirmó que el mal es sólo la ausencia de Dios, debida a la desobediencia humana.

A causa del pecado original, ningún hombre es digno de salvación, pero Dios puede elegir de antemano a quién salvar; esto no quita que sigamos poseyendo un libre albedrío.

Según Tomás, no hay contradicción entre fe y razón, por lo que la filosofía puede llegar a menudo a las mismas verdades contenidas en la Biblia; por ello concilió la revelación cristiana con la doctrina de Aristóteles.

Otros nombres importantes de la época medieval son Avicena y Averroes en el ámbito islámico, Maimónides en el judío, Pedro Abelardo, Buenaventura de Bagnoregio y Duns Escoto en el cristiano.

Por otra parte, en la medicina, el trabajo de Andreas Vesalius en anatomía humana revitalizó la disciplina y brindó más apoyo al método empírico.