Hipótesis de la Reina Negra

[1]​[2]​ Un gen que produce una función biológica vital puede volverse prescindible para un organismo individual si otros miembros de la comunidad que lo rodean realizan esa misma función de manera «permeable».

Por lo tanto, el organismo obtiene una ventaja al usar menos recursos de su maquinaria genética mientras sigue adquiriendo productos necesarios como metabolitos.

Esta hipótesis explicaría porque algunos organismos tienden a reducir su genoma y seguir siendo funcionales.

De manera análoga, en la hipótesis de la reina negra, disparar a la Luna se refiere a la estrategia en la que un organismo ayudante para una función es más probable que se convierta en un ayudante para otra función no relacionada.

[8]​ También propusieron que tales dependencias mutuas pueden conducir a un metaorganismo, cuyo genoma es el pangenoma de la población.

Se especula que este tipo de interdependencia puede llegar a generar relaciones simbióticas y mutualistas en las comunidades.

Se ha observado que las bacterias del género Bacilus han reducido sustancialmente sus genomas, así como han mostrado una interdependencia entre las bacterias de ese sitio, lo que ha llevado a sugerir la existencia de un pangenoma u holobiontes.