Un ejemplo específico se presenta en el artículo "Delicias gastronómicas: una fiesta móvil".
[6][7] Las técnicas filogenéticas tradicionales tienen dificultades para establecer diferencias entre genes que son similares debido a la transferencia lateral de genes y aquellos que son similares porque los organismos comparten un ancestro.
Al comparar un gran número de genes o genomas completos entre muchas especies, es posible identificar genes transferidos, ya que estas secuencias se comportan de manera diferente a lo esperado dada la taxonomía del organismo.
Los eventos de duplicación del genoma completo, que potencialmente duplican todos los genes de un genoma a la vez, son eventos evolutivos drásticos con gran relevancia en la evolución de muchos clados, y cuya señal se puede rastrear con métodos filogenómicos.
Los estudios tradicionales de un solo gen son efectivos para establecer árboles filogenéticos entre organismos estrechamente relacionados, pero tienen inconvenientes cuando se comparan organismos o microorganismos relacionados más lejanamente.
Estos incluían plantas, alveolados, rizarios, haptofitos y criptomonas.
Con este método, teóricamente es posible crear árboles filogenéticos completamente resueltos y las restricciones de tiempo se pueden recuperar con mayor precisión.