Participó como soldado a las órdenes de Francisco Pizarro, tomando parte en varias batallas contra los alzamientos rebeldes incas.
Belalcázar traslada Santiago desde el altiplano al litoral en tierras dominada por tribus nativas, en especial, los chonos.
En el sur, Pizarro y Diego de Almagro habían tenido varias disputas, por lo cual se ordena remover de cargo a partidarios almagristas.
Zaera en Santiago ordena el traslado del poblado de Santiago a un nuevo emplazamiento en el sector de Chaday (a orillas del actual río Yaguachi),[2] apoyado por el capitán Juan Porcel,[1] en 1536.
[3] Sin embargo, en el Perú se inició la rebelión de Manco Inca, también conocido como Manco Cápac II, por lo cual Zaera parte en apoyo a Pizarro hacia el sur dejando desprotegido a Santiago.