Su carrera como entrenador inició en 1994 cuando dirigió al Club Deportivo Marathón donde había sido jugador.
Hernán García Martínez solo logró dirigir un torneo y su cargo lo tomó el uruguayo Ariel Longo.
Tras haber dirigido a los dos grandes de San Pedro Sula, el Club Deportivo Marathón y el Real C. D. España, Hernan Garcia dirigiría al Deportes Savio que recientemente había ascendido a la Liga Nacional de Honduras.
Para el Clausura 2001-2002 asumió el cargo como entrenador del Club Deportivo Victoria donde consiguió la clasificación a la liguilla, pero debido a un cáncer de vejiga tuvo un retiro temporal y no continuó dirigiendo al club.
[6] Ya en el Torneo Apertura 2013 (Honduras) la historia fue diferente, Hernán García Martínez se encontró con los malos resultados y debido a eso fue destituido de su cargo.