Este consejo fue obstinadamente rehusado por el director del Observatorio de París, Urbain Le Verrier, por lo que el gobierno francés tan solo otorgó a Janssen una subvención para establecer un observatorio astrofísico en Meudon (a las afueras de París) con el propio Janssen como único astrónomo.
En 1889, Le Verrier fue sucedido por Amédée Mouchez, que por fin decidió poner las labores de astrofísica en primer plano, contratando a Deslandres.
En 1898 se unió a Janssen en Meudon, aumentando el personal científico en un 100%.
A la muerte de Janssen en 1907, Deslandres fue nombrado director, embarcándose en un programa en expansión.
Cuando estalló la Primera Guerra Mundial en 1914, a pesar de haber cumplido ya 60 años, regresó al ejército en el arma de ingenieros, primero como comandante y después como teniente coronel.