Después del estallido de la Primera Guerra Mundial, se alistó en el Royal Army Medical Corps.Gillies se entusiasmó con el trabajo y, al regresar a Inglaterra, persuadió al jefe cirujano del ejército, Arbuthnot-Lane, para crear una sala de lesiones faciales en el Hospital Militar de Cambridge, en Aldershot.[2] Esta solución rápidamente demostró ser insuficiente y se desarrolló un nuevo hospital dedicado a las reparaciones faciales en Sidcup.Durante el período de entreguerras, Gillies desarrolló una práctica privada sustancial con Rainsford Mowlem, incluyendo muchos pacientes famosos, y viajó extensamente, dando conferencias, enseñando y promoviendo las técnicas más avanzadas en todo el mundo.No logró el reconocimiento de su trabajo hasta que fue a Copenhague en 1924 para tratar a varios oficiales de la marina danesa y otros hombres que habían sufrido graves quemaduras por accidentes.Durante la Segunda Guerra Mundial, Gillies actuó como consultor del Ministerio de Salud, la RAF y el Almirantazgo.[3] Su propio trabajo continuó en Rooksdown House, que era parte del Park Prewett Hospital, en Basingstoke.Su hijo mayor, John Gillies, voló Spitfires con el Escuadrón N°92 RAF en la Segunda Guerra Mundial.Una placa azul en la fachada de esa casa actualmente conmemora su vida y trabajo.En 2015, el Gonville and Caius College construyó doce casas y bautizó la calle Harold Gillies Close (CB5 8ZD) en su honor.
Placa conmemorativa en la residencia que tuvo Gilles en Hampstead, Londres.