Tenía tres hermanos, entre ellos Arnulfo Arias Madrid, que también fue presidente de Panamá.

Harmodio Arias contrajo matrimonio con la panameña María del Rosario Guardia Vieto y tuvo cinco hijos: Harmodio, Roberto Emilio, Rosario del Carmen, Gilberto y Antonio Manuel.

En los años 1910 a 1912 actuó principalmente como escritor técnico.

Tras el derrocamiento del presidente Florencio Harmodio Arosemena en enero de 1931, en su calidad de secretario de Gobierno y Justicia asumió como "Encargado del Poder Ejecutivo" hasta la asunción del primer designado Ricardo Alfaro.

Arias fue propietario y presidente del periódico El Panamá América.