Hapag-Lloyd se fundó en 1970 a partir de la fusión de dos compañías marítimas: Hamburg America Line y Norddeutscher Lloyd, empresas marítimas centenarias que se crearon en 1847 y 1857, respectivamente.
El tercer buque, el SS Bismarck, se encontraba en construcción al inicio de la Primera Guerra Mundial y fue completado al final de la guerra y entregado a la naviera White Star Line como reparaciones de guerra, siendo rebautizado como Majestic.
Tras el final de la guerra, HAPAG reconstruyó su flota con barcos de menor tamaño, aunque su flota fue nuevamente eliminada durante la Segunda Guerra Mundial, tras la cual los barcos supervivientes fueron transferidos al bando aliado.
La única excepción fue la del Bremen, que atravesó el Atlántico a toda velocidad y pudo encontrar protección en Murmansk en 1939, trasladándose después a su ciudad de origen, donde permaneció durante el resto del conflicto.
Posteriormente otros dos barcos de segunda mano, SS Bremen (anteriormente Pasteur) y MS Europa (anteriormente Kungsholm de la Swedish American Line), fueron adquiridos.
Entre ellos figura el récord entre Southampton y Nueva York, establecido en 8 días (1881), que fue realizado por el buque Elbe y que se mantuvo hasta 1900; o el récord a la travesía transatlántica más rápida realizado por el Bremen en 1929 (ver Banda Azul).
Hapag-Lloyd reagrupa las filiales marítimas y logísticas del grupo TUI.
Como resultado, Hapag-Lloyd se convierte en la cuarta más grande línea naviera a nivel mundial.