Pronto se mudaron a Omaha, Nebraska, donde Murray fue diagnosticado de tuberculosis y falleció en 1919.
[3] En 1940, su segundo cónyuge, Phil Davis falleció y Flanagan decidió irse de Vassar para trabajar en el Smith College.
Ese año fue hospitalizada debido al empeoramiento de su enfermedad, siguió enseñando y escribiendo hasta su fallecimiento en Old Tappan, en 1969.
Rápidamente contrató a casi todos los trabajadores del teatro que eran elegibles bajo la ley.
El Proyecto de Teatro Federal llevó sus producciones a todos los rincones del país.