Tenía un cráneo definido y otras características que han permitido clasificarlo como un verdadero craneado; incluso fue popularizado como el primer pez,[2]​ pero no posee todas las características para incluirlo entre el grupo de los peces.

La cabeza tenía al menos seis y tal vez nueve probables branquias.

Hay 13 estructuras circulares a lo largo del dorso que pudieron ser las gónadas.

[5]​ Análisis cladísticos indican que Haikouichthys es probablemente un craneado o un cordado basal.

En este caso Haikouichthys sería un sinónimo más moderno de Myllokunmingia.