Al estallar la Segunda Guerra Mundial, Burguiba (que en ese momento se encontraba detenido) fue trasladado a distintas cárceles francesas.

Mohamed vivía con una enfermera italiana que dio la bienvenida al joven Habib y ayudó a cubrir su vacío emocional.

[30]​[31]​ Gracias a la originalidad con la que Burguiba, Sfar, Guiga y El Materi abordaban los problemas, La Voix du Tunisien se convirtió en un periódico muy popular.

[36]​ Lo que busca Burguiba con esta acción es aglutinar a la clase burguesa, considerada colaboradora de Francia, en torno al nacionalismo.

En respuesta, el 31 de mayo, la Residencia decide suspender todos los periódicos nacionalistas, incluido L' Action Tunisienne, y prohibir la actividad Destour.

La dirección del partido, que no veía con buenos ojos esta nueva forma de activismo, acaba desacreditando al joven nacionalista.

[42]​ Burguiba, que consideraba al Destour y a sus líderes un obstáculo para sus ambiciones dimite del partido el 9 de septiembre.

El joven equipo se enfrentaría al Residente General, Marcel Peyrouton, designado para poner fin a la agitación nacionalista.

[49]​ Para alcanzar su objetivo, Burguiba recorrerá todo el país, utilizando nuevos métodos de comunicación, muy distintos a los empleados por los veteranos del Destour.

Entre el coloso ruso, pero también entre los anglosajones, que poseen los mares y cuyas posibilidades industriales son infinitas, Alemania será aplastada [...] se les da la orden, a ustedes y a los militantes, de ponerse en contacto con los franceses gaullistas para combinar nuestra acción clandestina [...] Nuestro apoyo debe ser incondicional.

Aunque sus esfuerzos se intensificaron, Burguiba sabía que nadie apoyaría su causa mientras no hubiera tensiones entre Francia y Túnez.

[82]​ Asimismo, Burguiba dotaría al Neo-Destour de su segunda representación en el mundo árabe, concretamente en Damasco, liderada por Youssef Rouissi, quien conocía bien a los sirios.

Sin embargo, pronto comenzaron a aparecer disensiones entre tunecinos, marroquíes y argelinos, que impedían la creación de un enfoque común.

[92]​ Burguiba, que en ese momento se encontraba en la capital egipcia para apoyar la lucha nacional tunecina, vio cómo, cuatro años más tarde, se encontraba debilitado políticamente y marginado en el Comité magrebí del El Cairo, además de exiliado y aislado de su país.

[93]​ Una vez alcanzado su objetivo, Burguiba reaparece como líder del movimiento nacionalista, viajando a Francia para entablar nuevas negociaciones.

[98]​ En Túnez, Périllier, respaldado por Burguiba, favorece la constitución de un nuevo gabinete tunecino, liderado por Mohamed Chenik en el que participarán tres ministros del Neo-Destour.

[111]​Tras el fracaso de las negociaciones con Francia, Burguiba permanece en París, donde consideraba esencial establecer contactos durante esta nueva etapa.

Sus discursos se volvieron cada vez más enérgicos, terminando con su declaración en Bizerta, el 13 de enero, donde amenazó al gabinete si una delegación no volaba inmediatamente a la ONU.

[139]​ Ben Youssef era consciente de que su declaración atraería a muchos militantes, causando pánico entre la facción moderada del partido.

Mientras se dedicaba a pronunciar discursos por todo el país, Burguiba haría hincapié en este hecho tan fundamental, demostrando que los acuerdos otorgaban una gran autonomía al pueblo tunecino en la gestión de sus asuntos.

Sin embargo, sus esfuerzos son en vano y la paz muy breve: Ben Youssef no esperará demasiado tiempo para criticar la modernidad del "Comandante Supremo", que pisoteaba los valores arabo-islámicos, e invita a los opositores de Burguiba a reanudar la lucha armada para liberar todo el Mágreb.

En esta sesión se proclamó la República y la monarquía (que hasta ese momento contaba con 252 años de antigüedad) fue abolida.

Asimismo, puso fin al plan de estudios que combinaba las enseñanzas coránicas con las occidentales, creando escuelas públicas y gratuitas.

Más tarde fue revelado que el complot había sido preparado por militares y algunos ciudadanos fieles a Ben Youssef.

[189]​ La política socialista, llevada a cabo por Ben Salah, se enfocó en el sector comercial, donde creó una red centralizada de oficinas estatales y cooperativas.

Desde ese momento, el sistema de partido estatal y la conjunción Bourguiba-Ben Salah "sumieron a Túnez en una carrera precipitada” en la que libertades fundamentales fueron sistemáticamente atropelladas.

Burguiba, sorprendido por la proposición, sugiere a Boumédiène que Argelia podría ceder Constantina para restablecer un mejor equilibrio geográfico entre los dos países.

Esta última orden confirmaría a varios opositores y partidarios de Burguiba que el presidente ya no actuaba ni pensaba racionalmente.

[216]​ Durante la década de 1990, Burguiba pasó graves enfermedades, siendo visitado por líderes extranjeros y por el presidente Ben Ali.

Sin embargo, una vez que se construyeron las bases de un estado moderno, Burguiba optó por imponer gradualmente un régimen autoritario y paternalista.