El templo fue originalmente comisionado por el príncipe Shotoku a la firma constructora Kongō Gumi; en aquella época se le llamaba "Ikaruga-dera"(斑鳩寺).

Entre el 670 y el 700 el templo fue reconstruido siguiendo el estilo original pero reorientado en una posición al noroeste.

Se ha estimado que apenas 15 a 20 por ciento del Kondo contiene materiales de la reconstrucción original.

El clan Shoga derrotó y exterminó sumariamente a la familia Shotoku en una rencilla por el poder.

A diferencia de la mayoría de los primeros templos japoneses, organizados como sus contrapartes coreanos y chinos, el Hōryū-ji tras la reconstrucción rompe con estos patrones organizando el kondo y la pagoda lado a lado en el patio principal.[15].

Durante la reconstrucción del templo la Tríada Shaka había sido comisionada o terminada.

Excavaciones realizadas en Yamadadera muestran discrepancias entre un templo fechado en el 643 y el Hōryū-ji, sugiriendo que los edificios más viejos del templo no son representativos del más puro estilo Asuka.[18].

Es probablemente de estilo coreano Baekje o chino Tang y se completó alrededor del año 700.[22].

Los barandales y sostenes de la pagoda son casi idénticos a los del kondo.[23].

La enorme piedra de cimiento, que alcanza tres metros bajo tierra, contiene un hueco para reliquias.[24].

Desafortunadamente, debido al peso de la pagoda misma, es probable que estos tesoros jamás logren recuperarse.[25].

Durante la Segunda Guerra Mundial se detuvieron los trabajos de reparación en el techo y la parte superior del salón, debido al daño que se estaba causando a los famosos murales en el interior del templo.[30].

La versión actual de este salón fue construida en el año 739 y reparada en el siglo IX.[37].

El salón también contiene el famoso Yumedono, Guze o Kuze Kannon; este se muestra únicamente en algunas épocas del año.

Otra fuente sugiere que la estatua fue tallada en Japón pero no detalla sus orígenes.[43].

La estatua se tenía como sagrada y no fue vista públicamente hasta que fue desenvuelta por orden de Ernest Fenollosa, quien catalogó, por orden del gobierno japonés, las posesiones artísticas del estado, y posteriormente fue curador en el Museo de Boston.[47].

Además se ha sugerido que el kannon es una síntesis coreana de las influencias chinas del norte y el sur.[49].