Fue descrito originalmente en el año 2009 por los especialistas I. González-Bergonzoni, M. Loureiro, y S.

Junto con G. gymnogenys y G. australis, integra el llamado “grupo gymnogenys”, el cual se caracteriza por poseer, durante la época reproductiva un marcado dimorfismo sexual, ya que los machos desarrollan una giba adiposa sobre la cabeza, la que permite una fácil diferenciación de las hembras.

También practica la poliginia, ya que un macho protege un territorio en donde mantiene un harem compuesto por varias hembras, con quienes copula.

El macho fecunda los huevos que las hembras depositan en el sedimento; posteriormente los introduce en su boca, pues allí serán incubados.

Gymnogeophagus viene del idioma griego, donde gymnos es 'desnudo', gea es 'tierra', y phaegein es 'comer'.