El grupo rebelde, respaldado por Ruanda, buscaba derrocar al entonces presidente congoleño Laurent-Désiré Kabila.En el 2003, cuando terminó oficialmente esa guerra, Nkunda se unió al nuevo ejército nacional integrado del gobierno de transición como coronel y fue ascendido a general en 2004.Recibió un amplio respaldo y cooperación del gobierno del presidente congoleño Laurent-Désiré Kabila, quien utilizó a las FDLR como fuerza delegada contra los ejércitos ruandeses extranjeros que operaban en el país, en particular el Fuerzas Ruandesas de Defensa (ala militar del RPF) y Agrupación Congoleña para la Democracia respaldado por Ruanda.En julio de 2002, las unidades de las FDLR que aún se encontraban en el territorio controlado por Kinshasa se trasladaron a Kivu del Norte y Kivu del Sur.Según los términos del acuerdo, todos los beligerantes debían unirse a un gobierno de transición y fusionar sus fuerzas en un solo ejército nacional.Sin embargo, rápidamente quedó claro que no todas las partes estaban totalmente comprometidas con la paz.La región se sumió una vez más en la agitación, y los combates alcanzaron la intensidad de la segunda guerra del Congo.Esta afirmación fue rechazada por la Misión de las Naciones Unidas en la República Democrática del Congo (MONUSCO).Sin embargo, la MONUC se negó a arrestar a Nkunda después de que se emitiera una orden de arresto internacional en su contra, afirmando que "el Sr. Laurent Nkunda no representa una amenaza para la población local, por lo que no podemos justificar ninguna acción contra él".La ONU pidió al gobierno de la RDC que negociara con Nkunda, enviándose al entonces ministro del Interior, el general Denis Kalume como mediador de las negociaciones.[5] También ese día, se disparó un cohete desde la República Democrática del Congo al distrito de Kisoro, matando a siete personas.[7] Sin embargo, esto resultó contraproducente, provocando que Nkunda controlara cinco brigadas de tropas armadas.[13] Inicialmente las autoridades ruandesas no anunciaron si es que Nkunda sería entregado al gobierno de la RDC, país que ha emitido una orden internacional de arresto contra él.[16] More than 90 people were killed at Ekingi, including 60 civilians and 30 government troops, and "dozens more" were said to be killed at Busurungi.[99] Las FDLR habían atacado varias otras aldeas en las semanas anteriores y se produjeron enfrentamientos entre las fuerzas de las FDLR y el ejército congoleño, durante los cuales, según informes, las fuerzas gubernamentales perdieron hombres[100].[100] El ejército congoleño y la MONUC estaban planeando operaciones en Kivu del Sur para eliminar a las FDLR.El grupo armado Raïa Mutomboki se someterá al desarme.Se transfirieron 24 rifles, 2 granadas y otro equipo militar a las FARDC durante los dos incidentes.[26] En enero de 2016, estallaron combates entre las milicias FDLR, ADF y Mai-Mai, lo que provocó que miles de personas huyeran a las áreas circundantes en Goma, Kivu del Norte.
