Las FDA fueron fundadas por Jamil Mukulu, un ultra conservador musulmán ugandés, perteneciente al grupo Tablighi Jamaat.

Al parecer pasó la década de 1990 en Jartum, Sudán y entró en contacto personal con Osama bin Laden.

El conflicto se intensificó gradualmente, culminando en el ataque de Kichwamba Technical College en 1998, que dejó 80 muertos, con 80 más secuestrados.

En 2002, la presión continua del ejército ugandés obligó al FDA a reubicar la mayor parte de sus actividades en la vecina RDC.

La insurgencia continuó en menor escala hasta 2013, que marcó su resurgimiento, el grupo lanzó una campaña de reclutamiento junto con numerosos ataques.