Entre 1767 y 1775 sirvió en Colonia como nuncio apostólico, donde debió lidiar con el movimiento febroniano.

La Secretaría de Estado de la Santa Sede se mostró insatisfecha con su acción en Viena, debido a su actitud complaciente y pasiva frente a las reformas religiosas realizadas por el emperador José II de Austria,[1]​ que buscaba hacer a la Iglesia católica una herramienta del Estado, independiente del Papado.

[2]​ En 1796, mientras Napoleón Bonaparte conquistaba el norte de Italia, durante la Guerra de la Primera Coalición, Caprara se mantuvo favorable al avance francés, quizás buscando su propio beneficio, ya que poseía tierras e intereses en la zona boloñesa.

Durante esta época se le conocería con el sobrenombre de cardenal jacobino.

[5]​ Caprara, sin embargo, retuvo su posición como legado papal en Francia hasta su muerte y continuó viviendo en París.

Las relaciones con Napoleón se fueron haciendo más tensas con los años, y su complacencia trajo insatisfacción de parte del Papa.

En 1808, la situación colapsó con la entrada del ejército napoleónico a los Estados Pontificios.

En 1809, cuando Pío VII ya se encontraba prisionero en Savona, Caprara rogó al Papa apoyar a Napoleón,[3]​ algo que fue rechazado de plano.