[1] Nacido en Asunción, Palacios debutó en Olimpia, donde fue promovido por el histórico entrenador uruguayo de aquel club Luis Cubilla en el año 1998.
Durante su primera temporada profesional, Gilberto ganó el Campeonato Nacional de Fútbol de 1998 y compartió camarín con jugadores de la talla del atacante Roque Santa Cruz, el lateral Julio César Cáceres, el exitoso medio defensivo Carlos Humberto Paredes, entre otros.
Entre los torneos que ganó Palacios en el equipo decano, están cuatro títulos de Primera División y los certámenes continentales de la Copa Libertadores (2002) y la Recopa Sudamericana (2003).
En aquel club, Gilberto disputó el Torneo Apertura 2005, donde solo sumó minutos en un encuentro como visitante en el que su equipo perdió por 1–0 contra Argentinos Juniors en La Paternal.
Al año siguiente, Palacios vuelve a su país natal, siendo contratado en primera instancia por el Tacuary, para luego sellar su retorno a Olimpia en 2008 y finalmente vestir la camseta de Guaraní, jugando ahí el Torneo Clausura de ese año.