Su influencia en otros compositores de finales del siglo XVI fue muy grande, especialmente en Claudio Monteverdi.
La relación del músico Wert con la familia Este durará casi toda su vida.
Cuando estos amores fueron conocidos públicamente, Lucrezia debió abandonar Mantua, pero Wert prefirió permanecer en la ciudad y seguir con su trabajo.
[2] Lucrezia regresó tiempo después a Noveralla, donde tuvo relaciones amorosas con un hijo ilegítimo del conde Francesco.
[2][5] Pese a estas difíciles circunstancias personales, Wert mantuvo su trabajo en Mantua y permaneció como maestro de capilla hasta 1592.
La más importante le llegó en Augsburgo, donde la espectacular capacidad de Wert para improvisar deslumbró a la corte y se le solicitó su traslado a Praga, para quedar al servicio del emperador Maximiliano II de Habsburgo.
Ese mismo año la mujer de Wert murió en prisión, en Novellara.
Tarquinia pertenecía a la nobleza y Wert era un siervo, lo que resultaba escandaloso e inaceptable para la mentalidad de la época.
[3] Entre los poetas a los que puso música en estos primeros libros de madrigales se encuentran Pietro Bembo, Petrarca y Ariosto.
Sus madrigales se adaptaron al estilo virtuoso de estas intérpretes y también a sus voces agudas.
También los poetas a los que puso música estaban estrechamente vinculados con Ferrara, como Tasso y Guarini.
Casi todas las últimas composiciones de Wert son homofónicas y sólo ocasionalmente aparecen pasajes polifónicos, con una función contrastante.
Wert escribió muchas obras religiosas, pero en vida solo publicó tres libros de motetes (en 1566, 1581 y 1581) y alguna otra obra en antologías colectivas, junto a otros compositores (fue el caso de su Missa Dominicalis).
[2] El estilo de su música religiosa es muy variado: tiene obras completamente homofónicas, escritas con absoluta claridad para que se entendiera el texto (tal y como determinaban los dictados del Concilio de Trento, que en Mantua se aplicaban con rigor) hasta otros motetes cuya intensa expresividad es similar a la de sus madrigales.
[2] Aunque la mayor parte de su obra en este género permaneció inédita, se publicaron los siguientes libros.