Una nueva guerra fría emerge, convirtiendo a la política internacional en una enrevesada lucha de intereses maquiavélicos, enfrentados a la delincuencia tecnológica y al terrorismo cibernético, trayendo como consecuencia que los delitos electrónicos sean un objetivo primordial para la seguridad internacional de todos los países.

El personaje principal, Motoko Kusanagi, es una cíborg completa, a excepción de su cerebro y su médula.

Este hecho es la causa por la que la película recibe el nombre, puesto que el ghost, la conciencia o espíritu del individuo original, es decir su alma, se encuentra dentro de esa estructura robótica o cuerpo artificial, que aunque es un simple instrumento de oscuros intereses, aún preserva su propia identidad o yo psicológico.

La Sección 9 recibe la misión de encontrar al Puppet Master ("Titiritero"), un hacker que entra en los cíborgs y los controla para hacer todo tipo de crímenes sin dejar huellas, entre ellos también asesinatos y terrorismo.

Resulta ser el Puppet Master, que quiere recibir asilo político en la Sección 9.

La inspiración del guion de la película está basado en algunas historias del primer manga, especialmente en los capítulos 9, Bye Bye Clay, y 11, Ghost Coast, donde los dos protagonistas principales, la Mayor Motoko Kusanagi y Batou, junto a toda la Sección 9 se enfrentan a un temible villano llamado Puppet Master, una especie de hacker que no solo piratea, altera o modifica sistemas informáticos, cuerpos robóticos y cualquier aparato programado informáticamente, sino que también los ghost son sus víctimas.

Otro elemento a destacar es el uso recurrente del perro Basset Hound (de nombre Gabriel como el Arcángel) en las películas de Mamoru Oshii, y que en la película es empleado como un «comodín» visual que representa un aviso al espectador cuando en alguna escena se produce un conflicto entre lo que se ve y lo que realmente sucede, como por ejemplo, en la escena del interrogatorio al «pirateado» basurero, o en las escenas donde se usa camuflaje termo óptico.

Esta idea mitológica de Venus es retomada al final de la película, cuando se produce la fusión entre el Puppet Master y la Mayor Kusanagi, puesto que el villano es un ser cibernético con vida propia pero sin cuerpo, al que Motoko posibilita con su propio ghost la facultad de reproducirse y formar un nuevo ser.

La interpretación del coro es una canción de boda cantada para alejar todas las influencias negativas.

El tema «See You Everyday» es diferente del resto de la banda sonora, siendo una canción pop cantada en cantonés por Fang Ka Wing.

El mundo que imaginó Shirow dio lugar a varios mangas, películas, series de televisión, OVAs e incluso tres videojuegos.

Otros paralelismos se han tomado para la película Avatar de James Cameron, y también en el film A.I.