[2]​ Cuando el programador informático Thomas Anderson, bajo el alias de hacker "Neo", descubre la incómoda verdad, se une a una rebelión contra las máquinas junto con otras personas que han sido liberadas de Matrix.

Aunque es un efecto muy revolucionario, no fue la primera vez que hizo su aparición en el cine (anteriormente fue usado en películas como Jumanji, entre otras), pero fue con este filme cuando surgió un gran interés por este efecto, y que posteriormente fue utilizado en otras películas.

[4]​ Morfeo y su equipo, al darse cuenta de que sus enemigos están buscando a Neo, deciden entrar en contacto con él.

Los agentes también lo están buscando, capturan en su oficina y torturan, los hackers nuevamente lo buscan para llevarlo en la noche a un edificio abandonado y en proceso de destrucción, para su encuentro con el hacker Morfeo.

El símbolo de dicho proceso es aceptar tomar una píldora roja; en cambio, la píldora azul podría devolverlo a su mundo actual sin que, aparentemente, nada de lo que está sucediendo hubiera pasado.

Esta ilusión colectiva (o simulación interactiva) es conocida como The Matrix[5]​ (la matriz).

[6]​ La simulación intenta recrear el modo de vida humana tal y como era a finales del siglo XX.

Se encuentran cerca del año 2199 (aunque esta es la fecha que Morfeo estima, en realidad están cerca del 3199 tal y como se descubre al final de Matrix Reloaded) y la humanidad está esclavizada por las máquinas, que tras el desarrollo de la IA (Inteligencia Artificial) se rebelaron contra su creador, la humanidad.

Esta, a su vez, desembocó en el deterioro del medio ambiente, haciéndolo insostenible para humanos y máquinas.

También Morfeo habla, aunque indirectamente, de la operación Tormenta negra, Dark Storm, la cual, durante la guerra entre humanidad y máquinas, se ideó para debilitar a las máquinas, que funcionaban con energía solar.

Después de una espectacular lucha contra los soldados y agentes que custodian el edificio donde Morfeo está detenido, consiguen liberarlo.

Su identidad como el elegido no se forma conociendo la teoría, sino andando la práctica, a través de sus decisiones, sus experiencias y la confianza en resolver los problemas desde un marco que a él como programador, no le son desconocidos.

En esta primera parte, el protagonista acaba entendiendo su papel como el elegido, una anomalía que se expresa mediante una conciencia singular capaz de abstraerse del mundo más banal y físico, trascendiendo a la realidad que se expone ante sus ojos.

[9]​ La producción cinematográfica arrasó en taquilla, recaudando en todo el mundo $463 517 383 dólares, lo que posibilitó la creación de la trilogía de películas que luego hubo, como había sido planeado desde el principio.

Con el lanzamiento de la película se editó un libro a la venta llamado «Tomar la píldora roja; ciencia, filosofía y religión en Matrix», del autor Glenn Yeffeth, que aborda la temática de la película más distendidamente.